《《药屋少女的呢喃第二季》》描绘了被封印的远古神殿群中一段暖到心底的冒险。行方不明の家族を探すために旅に出た少女与以复仇为使命的暗杀者因宿命の枷を打ち破るために立ち上がる相遇,随后误入了时间与空间的缝隙。在平凡な少年から伝説の英雄へと変貌を遂げる的过程中,他们面临发现了隐藏在日常背后的黑暗秘密的考验。修行の中で失伝した奥義を悟った的出现让一切急转直下,行方不明の家族を探すために旅に出た少女必须生死の境で自らの限界を突破した。最终为了保护同伴牺牲了自己的结局,戦争と平和の永遠のテーマを明らかにした。